マストドンインスタンスが消えるのは

・技術的な理由（アップデートがうまくできない、Let's Encryptの更新ができない、など）
・経済的な理由（クラウドファンディングで集まったのを使い果たした）
・管理が面倒くさくなった（人的トラブルなど）

なんかが理由ですかねぇ。