壊れた時の復旧の手間を減らすためのバックアップと、二度と戻らないのは困るオリジナルファイルのバックアップは目的が違いますね。

僕は自作PCですが、前者は、初期インストールからしばらく使って環境が安定したらころに一度取ります。後者は定期的に自動バックアップしてます。

システムがCドライブ、データはDドライブと分けておけばわりと簡単です。Usersフォルダ内には大事なものを置かないようにするか、それもDドライブに作られるようにしておくといいです。