Windows と Linux に Renoise 入れて、u-he とか Vital みたいなLinuxでも動くVSTプラグインを入れて、Dropboxでプロジェクトファイルを共有したら、Win/Linuxどちらでも動作するプロジェクト作れることを確認しました。

ただしVST3である必要があります。VST2の場合、違うプラグインだと認識されます。