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納入義務があるのは特別徴収義務者たる会社なので、会社が源泉徴収した税金を納めていなくても、会社に対して督促なり差押えなりがされるはずです。
ただし、納税義務者は各個人で、その納税がないこと自体は事実なので、滞納のないことの証明なんかは発行してもらえないと思います。
