この項目を設定するのはProToolsのみです。他のソフトは最初からインターリーブです。インターリーブとはステレオで録音するファイルを一つのステレオファイル形式にするという意味です。

そんなの当たり前、意味わかんね、って感じかと思いますがProToolsではバージョン9までステレオのファイルをモノラル二つに割って録音していたのですがバージョン10からステレオファイルをステレオファイルとして扱うようになりました。「ProTools 10以前のProTools」で作業する可能性がある、という場合以外はチェックオンでだいじょぶです。他DAWソフトは全部ステレオファイルはインターリーブですから。