個人的見解ですが。非常に大雑把に言えば、商業／同人は流通経路の違い。メジャー／インディーズは制作体制の違い。

同人という言葉の成り立ち的に元々は「同好の士の間で（のみ）流通するもの」という意味合いがあり、建前としては不特定多数相手に商売として流通させるものではない（なかった）。ゆえに同人独自の流通経路が増え、経済規模としても非常に大きくなった現在にあっても、許諾のない二次創作の著作権についての扱いが「グレー」とされ続けている（おおっぴらにやらないのが前提、宣伝になるから云々は後付けの論理）

インディーズは「自主制作」とも言うように、制作体制（音源の制作費を出す主体が誰か＝原盤権者が誰か）がメジャーな資本（大手レコード会社、出版社、放送局、広告代理店、マネジメント事務所など）によるものかどうかで分けられる。したがって、販売や製造はメジャーレコード会社が行なうインディーズレーベル、というものも存在しうる。制作者が原盤の権利をレコード会社や放送局に売ったり貸与したりする権利ビジネスが前提の枠組み。