DAWが起動時にプラグインを読み込むのは初めて発見されたプラグインだけなんじゃないですかね？あとはインサート時に読み込むはず。

なので、なんかアップデートとかで新しいプラグインと認識されたとかそういう原因で読み込みが発生したタイミングと、ライセンス認証が切れてるタイミングがたまたま合致したとかじゃないかと想像しましたが、よくわかりません。