＞本当にトランス差別の言説があったとして管理人が反応しないなら、それはマストドン全体のルールに違反していることになると思う

これはそうはなりません。

MastodonはLGPLなので、どんな思想の人がどんな理由で使っても規約上の問題はないはずです。

ただ、Mastodonの開発者は「人種差別や性差別なの発言については各サーバの管理者が自主的に対処してほしい」と考えていて、その考えに賛同した人が運営しているサーバのみを joinmastodon に登録している、という流れですね。

つまり、森さんの言ってるのはjoinmastodonのリストに掲載しているサーバのルールです。joinmastodonに掲載されているのであれば、そのように振る舞うのが望ましいということになります。実際の運用としてどのレベルで対処するのかはおそらく各サーバごとの判断に任されているとは思いますが。