別名で保存すると、別名で保存したやつがアクティブになる。この状態で上書き保存すると、別名で保存した方が上書きされる。

コピーを保存すると、今の保存がアクティブのまま現状態のコピーが保存される。この状態で上書き保存すると、元のファイルが上書きされる。

という違いはあるかと