代替案としては、

1. ファイルシステム関係なくセクタバイセクタでクローンしてくれるソフトを使う

2. WindowsのインストールUSBを作り、新しいドライブ上にdiskpartでFAT32/MSR/NTFS/NTFSの順に空のパーティションを作った上で(参考: https://learn.microsoft.com/ja-jp/windows-hardware/manufacture/desktop/oem-deployment-of-windows-desktop-editions-sample-scripts?view=windows-11&preserve-view=true#-createpartitions-uefitxt の CreatePartitions-UEFI.txt )、3つめのNTFSを消去して旧ドライブのCドライブをあいたところにコピーし、WindowsのインストールUSBで起動ディスク修復

の2つほど考えられます