DokuWiki わりといろんなことできるし、DB使ってないから仕組みも簡単だし、なんだかんだで無難な選択としてはここに落ち着きますね。

うちの社内Wikiは基本はDokuwiki記法で書いて、MarkdownからのコピペとかMarkdownにコピペする予定があるものだけ<markdown>タグで囲んでやってます。