実際WP+プラグインでやるのはちょっと厳しい要件だったっぽくて、元々PHPのオレオレフレームワークで作ってあったものをその会社が引き継いでCodeIgniterで作り直した、という経緯のようです。
リレーション組んだテーブルを管理するのはWPのカスタム投稿では厳しいのでフレームワークにしたのは正解なんだろうけど、保守コストもWPで作ったサイトよりは高くなるだろうし、作った業者が保守放棄したのが悪いのか、それに見合う保守費用をクライアントが払ってなかったのが悪いのか、その辺はよくわからないですね。